קבוצה של שכירי חרב יוצאי סיירת חיל הנחתים, ובראשם פרנסיס איקס. האמל (האריס), בריגדיר גנרל בדימוס בחיל הנחתים, גונבים מאגר של טילים מחומשים בגז הקטלני VX מתוך מחסן צבאי מאובטח בכבדות. תוך כדי הגנבה נוצרת תקלה וכמות קטלנית של גז משתחררת בתוך המקרר שבו מאוחסנים הטילים. הם נמלטים במהירות עם הטילים, אך נועלים את אחד מאנשיהם שהיה איטי מדי בתוך המחסן, שכן אילו חיכו ליציאתו, הגז הקטלני היה משתחרר החוצה והורג רבים מהם. למחרת, האמל ואנשיו משתלטים על אלקטרז במהלך סיור מודרך וכולאים 81 תיירים בתאי הכלא כבני ערובה. האמל מציב אולטימטום בן 40 שעות לפנטגון: הוא ישגר את הטילים הגנובים נגד האוכלוסייה של סן פרנסיסקו, אלא אם כן הממשלה תשלם כופר נפש ופיצויים למשפחות של חיילי חיל הנחתים שמתו במשימות בלתי חוקיות חשאיות תחת פיקודו ומותם לא כובד כיאות. הפנטגון וה-FBI מפתחים תוכנית לכבוש מחדש את האי עם צוות בקומנדו הימי ומומחה נשק כימי מגויס בשם ד"ר סטנלי גודספיד (קייג'). גודספיד בהתחלה חושב שהוא רק מייעץ לצוות, אך עד מהרה הוא לומד שהוא גויס בשל התמחותו בלוחמה כימית.

מתוך הבנה כי כל כניסה של הצוות בנקודה מעל פני הים תראה על ידי אנשיו של האמל, מנהל ה-FBI וומאק (ג'ון ספנסר) פונה לאסיר ג'ון פטריק מייסון (קונרי), סרן בשירות האווירי המיוחד לשעבר אשר עבד כסוכן חשאי בעבור MI6. וומאק עצר אותו בעבר וכלא אותו, באופן בלתי חוקי, במשך עשרות שנים בתנאי מאסר מחמירים בכלא פדרלי. הסיבה שבגללה וומאק פונה למייסון, למרות סלידתו מכך, היא מכיוון שמייסון הוא האסיר היחיד בתולדות אלקטרז אי פעם שהצליח להימלט דרך המנהרות התת-קרקעיות של אלקטרז. וומאק מציע עסקה למייסון: מייסון יסייע לצוות ובתמורה ישוחרר מהכלא. לאחר שמייסון מסכים לעסקה וומאק קורע את אישור שיחרורו של מייסון, כאשר מייסון לא רואה זאת. מייסון, בעודו במעצר תחת פיקוחו של הסוכן המיוחד ארנסט פקסטון (ויליאם פורסיית), מצליח לברוח כדי לראות את בתו ג'ייד (קלייר פורלני). גודספיד רודף אחריו, מגיע אליו ומשקר לבתו של מייסון שמייסון עובד עם ה-FBI. גודספיד משכנע את מייסון לשתף פעולה כדי לפתח תוכנית חדירה. וומאק מסכים לכך שמייסון יעזוב את הכלא מכיוון שהוא מעריך שהצוות יצליח רק אם מייסון יצטרף אליהם ויסייע להם.

הצוות מצליח לחדור לאלקטרז דרך המנהרות התת-קרקעיות של אלקטרז בהדרכתו של מייסון. חייליו של האמל אורבים להם בחדר המקלחות של הכלא והורגים את כל חיילי צוות הפריצה מלבד מייסון וגודספיד שנותרו בחיים. פקסטון מתכנן לבטל את המשימה, אבל וומאק, שמודע לכך שמייסון הוא איש ה-MI6 ובעברו יוצא השירות האווירי המיוחד, מסכים לתת להם להמשיך ואומר כי מייסון וגודספיד הם התקווה האחרונה שלהם. מייסון מנסה לעזוב את הכלא, אך גודספיד מצליח לשכנע אותו לעזור לו לנטרל את הטילים. תוך שימוש בידע של מייסון על הכלא, הם מחסלים בשקט צוותים קטנים של כמה נחתים ומנטרלים 12 מתוך 15 טילים שבידי האמל. האמל מאיים ברמקול להוציא להורג בן ערובה אם הנותרים מ"הקומנדו הימי" לא יכנעו ויחזירו את שבבי ההדרכה שנגנבו מהטילים (האמל לא מודע לכך שגם מייסון וגם גודספיד אינם מהקומנדו הימי). רק מייסון נכנע להאמל, ומתחזה כאדם היחיד בצות ששרד, על מנת לקנות לגודספיד מעט זמן נוסף. אף על פי שגודספיד מצליח לנטרל טיל נוסף, הנחתים לוכדים אותו זמן קצר לאחר מכן. לאחר שכל צוות הפלישה מת או נתפס, הצבא מתכנן תוכנית גיבוי: תקיפה אווירית על ידי מטוסי F/A-18 שמחומשים ב"פלזמה תרמית", דבר שינטרל את הגז הרעיל אבל יהרוג את כל מי שנמצא על האי כולל את בני הערובה, מייסון וגודספיד.

כאשר מייסון משתמש בניסיון הייחודי שלו כדי שהוא וגודספיד יוכלו לברוח מהתאים שלהם, הוא מגלה לגודספיד מדוע הוא הוחזק שם במשך שנים כה רבות – על גנבת מיקרופילם של הסודות הכמוסים ביותר של ארצות הברית, כולל תקרית רוזוול ורצח קנדי. בזמן שהם מחפשים את שני הטילים האחרונים, האמל משגר אחד מהם, אבל משנה את הקואורדינטות ברגע האחרון וגורם לטיל לשנות את מסלולו לכיוון הים, כך שהטיל לא יפגע באף אחד. כאשר הקפטנים פריי ודארו (גרגורי ספורלדר וטוני טוד) מתרגזים על כך, האמל מסביר שכל המבצע היה למטרות הפחדה וקבלת הכופר, ולא הייתה לו שום כוונה להרוג חפים מפשע. הוא מזמין אותם לצאת עם בני הערובה מאלקטרז עם טילי ה-VX הנותרים כדי לכסות על נסיגתם, בעוד הוא יישאר, על מנת שרק הוא יתפס ויקח על עצמו את האחריות המלאה למעשים שנעשו. כאשר הם מבינים שלא ישלמו להם, פריי ודארו, יחד עם סמל קריספ (בוקים וודביין) יורים בהאמל ובשני בפיקוד, מייג'ור טום בקסטר (דייוויד מורס), ומתכננים לירות את הטיל האחרון על סן פרנסיסקו. עם נשימתו האחרונה, אומר האמל לגודספיד את מיקום הטיל האחרון. גודספיד מגיע לטיל ולפתע דארו צץ ומנסה להרוג את גודספיד באמצעות נשקו. כשגודספיד מזהיר אותו שאם הוא יפגע בטיל שניהם ימותו כתוצאה מהגז הוא מנסה להרוג את גודספיד בידיו ונהרג כאשר גודספיד יורה את הטיל האחרון בו. הטיל מעיף את דארו מחוץ לכלא ומשפד אותו על עמוד ברזל. גודספיד לוקח כדור גז שהשתחרר מראש הנפץ, אך הוא מותקף על ידי פריי שמתחיל לחנוק את גודספיד למוות. תוך שימוש ב-VX כדי להגן על עצמו, גודספיד דוחף את כדור הגז לתוך הפה של פריי ומפוצץ אותו, דבר שחושף את שניהם לגז. גודספיד מזריק לעצמו בלב אטרופין בזמן שפריי מת מגז ה-VX. גודספיד מסמן עם זיקוקים ירוקים לאותת כי האיום חלף, אבל רק אחרי שאחד מהטייסים יורה פצצה, שמעיפה את גודספיד לתוך הים. הפצצה פוגעת בקצהו של האי ולא פוגעת באף אחד אחר.

מייסון מופיע שוב כדי למשוך את גודספיד חסר ההכרה אל החוף. כשהוא מתאושש, גודספיד מגלה למייסון שעליו לברוח לפני שה-FBI מגיעים, מכיוון שוומאק קרע את אישור שחרורו מהכלא. גודספיד אומר למייסון שיש לו חליפה ו-200 דולר בחדרו בבית מלון. מייסון מודה לגודספיד, ונותן לו פתק שמכיל את המיקום של המחבוא של המיקרופילם הגנוב. לאחר מכן, כאשר וומאק שואל את גודספיד היכן מייסון, גודספיד אומר לוומאק שמייסון "התאדה". פקסטון שומע זאת אף הוא ומתגובתו ניכר שהוא יודע את האמת אבל הוא לא אומר דבר לוומאק. הסרט מסתיים כשגודספיד ואשתו הטרייה בהריון קרלה (ונסה מרסיל) בפורט וולטון, קנזס, משחזרים את המיקרופילם המכיל חמישים שנה של סודות מדינה, כולל מי באמת הרג את ג'ון קנדי.